Las ideas religiosas de los antiguos egipcios tuvieron dos fases: 

º Durante la época predinástica, divinizaron aquellos fenómenos naturales que les desconcertaban, o infundían temor, de los que no conocían la razón de su proceder; asociaron estas divinidades con las características de ciertos animales, y los representaron con forma humana aunque conservando rasgos zoomorfos: el halcón en el dios Horus, "el elevado", dios del cielo; el perro egipcio, o chacal del desierto, "el guardián de las necrópolis", se convierte en un dios protector, Anubis; el cocodrilo del Nilo, un peligro constante, en un dios temido, venerado en la región de El Fayum, etc. Además les atribuyeron conceptos humanos, como la relación familiar, por lo que se formaron tríadas compuestas por un dios, su esposa y su hijo, y también pasiones humanas por lo que se les rendía culto dando ofrendas en los templos a cambio de favores solicitados, o recibidos. 
º A pesar de la agrupación de los pueblos egipcios en las "Dos Tierras": el Alto y Bajo Egipto, cada uno de los nomos (provincias) mantuvo sus deidades protectoras, lo que significaba la veneración a decenas de dioses, que adquirían mayor o menor relevancia según la importancia que tuviese cada ciudad: en Heliópolis se adoraba a Ra, en Tebas a Amón, en Menfis a Ptah y Hator, etc. 

Los sacerdotes de los templos principales comenzaron a organizar esta multitud de dioses y a explicar sus relaciones, la creación del mundo, las crecidas del Nilo, etc., ideando y sistematizando las creencias en las denominadas teología Heliopolitana, Tebana, etc., reflejadas en los Textos de las Pirámides, o el Libro de los Muertos, a los que siguió la redacción de otros similares. 

Su visión está basada en su propio país, tierra fértil junto a un río y con un desierto alrededor. Por lo tanto el mundo para ellos se dividía en tres regiones: 
º El Cielo, Nun, morada de los dioses, cuya diosa celeste Nut, "La grande que parió a los dioses", era representada como una mujer con el cuerpo arqueado cubriendo toda la Tierra. 
º La Tierra, morada de los hombres, la Casa de Geb, el dios creador, representado como un hombre tumbado bajo Nut. 
º El Más Allá, o Duat, el reino de los muertos, donde gobernó Horus, y posteriormente Osiris, espacio recorrido en su barca solar por Ra durante la noche, y por donde transitaban los espíritus de los difuntos sorteando los peligros. 


Los dioses 

La Enéada de Heliópolis “Las almas de Thot”: Atum, Shu, Tefnut, Nut, Geb, Isis, Osiris, Neftis y Seth; cuyo dios principal es Atum. 
La Ogdóada de Hermópolis: Num, Nunet, Heh, Hehet, Kek, Keket, Amón y Amonet; de donde surgió el dios Ra. 
La tríada de Elefantina: Jnum-Satis-Anuket (donde Jnum es el dios primordial). 
La tríada de Tebas: Amón-Mut-Jonsu (donde el dios principal es Amón). 
La tríada de Menfis: Ptah-Sejmet-Nefertum (donde Ptah era el dios principal; es inusual el hecho de que los dioses no estaban relacionados antes de que ésta fuera formalizada). 

Mientras los líderes de los diversos grupos ganaban y perdían influencia, las creencias dominantes se transformaban, combinaban y sincretizaban. Ra y Atum se convirtieron en Atum-Ra, con las características de Ra como dominantes, y posteriormente Ra fue asimilado a su vez por Horus, como Ra-Horajti. Después de que Ptah se convirtiera en Ptah-Seker, fue asimilado por Osiris, convirtiéndose en Ptah-Seker-Osiris. 
Con las diosas sucedió lo mismo: Hathor asimiló inicialmente las características de otras diosas, pero en última instancia fue asimilada con Isis. Los dioses maléficos fueron amalgamados de la misma forma, como Seth, quien originalmente era un héroe, asimiló todos las características de los dioses malvados, al cual condenaron posteriormente por haber sido elegido como dios protector de los gobernantes hicsos. 
Durante la época de influencia helénica sobre Egipto, lo que perduró con más vigor fue la tríada: Osiris, Isis, y Horus; y su enemigo Seth, tal como se ejemplifica en la "Leyenda de Osiris e Isis". La tríada había asimilado muchos de los cultos y deidades anteriores, y cada dios era adorado en su preferente lugar de veneración: Osiris en Abidos, Isis en Dendera, y Horus en Edfu. Incluso en esta etapa, continuaba la fusión, con Osiris como un aspecto de Horus (y viceversa), dirigiéndose paulatinamente hacia el monoteísmo. Sin embargo, el monoteísmo, o henoteísmo, había surgido con anterioridad, fugazmente, en el siglo XIV a. C., cuando Akenatón había intentado priorizar el culto de Atón, en la forma de disco solar, aunque fue violentamente rechazado posteriormente por el clero y el pueblo egipcio. 
Según el Canon Real de Turín, varios dioses gobernaron Egipto: Ptah, Ra, Shu, Geb, Osiris, Seth, Thot, Maat y Horus; cada cual durante inmensos períodos, después reinaron los Shemsu Hor durante 13.420 años, antes de surgir la primera dinastía de faraones. Así, los predecesores de Menes ocuparon el trono egipcio durante 36.620 años.